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“暗之書”事件新的十年後
一支全新的精英部隊在時空管理局中誕生了
——太古遺産管理部 機動六科
擔任指揮官的十三位傳說的精英
奈葉、菲特、疾風
她們所帶領的是四位年輕的魔導師

危險的太古遺産——“聖遺晶石”
圍繞着太古遺産出沒的神秘兵器——“協鳴者”
以及隐藏在陰謀背後的黑影……
魔法少女們即将面對再一次的考驗